Plutei
I manoscritti provengono dalla raccolta privata della famiglia Medici il cui nucleo originario è individuato nei 63 libri posseduti da Cosimo il Vecchio nel 1417-1418 e che alla sua morte (1464) erano divenuti 150. I suoi figli Piero (1416-1469) e Giovanni (1421-1463) fecero eseguire a gara manoscritti miniati; Lorenzo di Piero, detto il Magnifico (1449-1492), arricchì particolarmente la sezione in lingua greca e trasformò la fisionomia della raccolta familiare ordinando a partire dagli anni Ottanta copie di testi destinati a dare completezza alla biblioteca e a renderla esauriente luogo di ricerca. Dei pronipoti di Cosimo il Vecchio, Piero (1472-1504) proseguì il progetto paterno fino alla cacciata dei Medici (1494) e Giovanni (1475-1521) si distinse per la sua passione possedendo codici fino dalla prima giovinezza. Giovanni, eletto pontefice nel 1513 con il nome di Leone X, recuperò la biblioteca familiare confiscata al momento della cacciata acquistandola dai Domenicani di San Marco ai quali la Signoria l'aveva venduta e li portò a Roma nel palazzo di famiglia (oggi Palazzo Madama) presso Sant'Eustachio (1508). Solo sotto il pontificato del cugino Giulio (1478-1534), figlio di Giuliano, poi papa Clemente VII dal 1523, si realizzò il ritorno a Firenze della raccolta per la quale lo stesso pontefice dette inizio alla fabbrica della Biblioteca.
Agli esemplari appartenenti alla famiglia de' Medici si aggiunsero quelli provenienti dalle biblioteche umanistiche di Francesco Sassetti e di Francesco Filelfo, i codici dedicati a Leone X e quelli da lui acquistati nel periodo romano. Alcuni manoscritti, fra i più preziosi, furono acquisiti infine dalla Biblioteca del convento domenicano di San Marco